Baja siendo autónomo con consulta privada: incapacidad temporal, nacimiento y cese de actividad para psicólogos, fisioterapeutas y nutricionistas

Cuando trabajas por cuenta ajena, ponerte enfermo es un trámite: vas al médico, te dan la baja y la empresa se encarga del resto. Cuando tienes tu propia consulta de psicología, fisioterapia o nutrición, la cosa cambia por completo. Si tú no pasas consulta, no entra dinero, pero el alquiler, el software, el seguro y la cuota de autónomos siguen llegando puntuales. Y tus pacientes, que estaban en mitad de un proceso terapéutico o de una recuperación, necesitan saber qué va a pasar con sus citas.

La buena noticia es que el sistema de protección de los autónomos ha mejorado mucho en los últimos años. Hoy la baja por enfermedad se cobra desde el cuarto día, la cuota deja de pagarla el autónomo a partir del día 61 de baja, el permiso por nacimiento y cuidado de menor es de 19 semanas y existe una prestación por cese de actividad (el llamado «paro de los autónomos») a la que cotizas obligatoriamente. La mala noticia es que casi nadie lo prepara antes de necesitarlo, y entonces todo se hace con prisas, desde la cama o desde el hospital.

En esta guía repasamos, con ejemplos pensados para una consulta privada sanitaria en España, qué prestaciones tienes, cuánto cobrarías, qué trámites hay que hacer, qué pasa con tu consulta mientras estás fuera y cómo dejarlo todo preparado para que una baja no se convierta también en una crisis de pacientes y de tesorería.

Este artículo es informativo y está actualizado a octubre de 2026. Las cuantías dependen de tu base de cotización y de tu situación concreta: antes de tomar decisiones, consulta con tu mutua, con la Seguridad Social o con tu asesoría.

Qué protección tienes como autónomo sanitario

Desde la reforma de 2019, todos los autónomos del RETA cotizan obligatoriamente por incapacidad temporal, por contingencias profesionales (accidente de trabajo y enfermedad profesional) y por cese de actividad. Eso significa que, si estás de alta y al corriente de pago, tienes derecho a una cobertura bastante parecida a la de un trabajador por cuenta ajena, aunque con algunas diferencias importantes en plazos y cuantías.

Situación	Desde cuándo cobras	Cuánto (sobre la base reguladora)	Quién la gestiona
Baja por enfermedad común o accidente no laboral	Desde el día 4 de baja	60 % del día 4 al 20; 75 % desde el día 21	Tu mutua colaboradora
Accidente de trabajo o enfermedad profesional	Desde el día siguiente a la baja	75 %	Tu mutua colaboradora
Nacimiento y cuidado de menor	Desde el inicio del permiso	100 % durante 19 semanas	INSS
Riesgo durante el embarazo o la lactancia	Desde el inicio de la suspensión	100 %	Tu mutua colaboradora
Cese de actividad	Desde el mes siguiente al cese	70 % (con mínimos y máximos)	Tu mutua colaboradora

La clave de casi todo es la base reguladora, que en la práctica es tu base de cotización. Si cotizas por la base mínima de tu tramo, cobrarás poco aunque factures bien. Por eso conviene revisar tu base de cotización con calma, algo que explicamos en la guía sobre la cuota de autónomos en 2026 para psicólogos, fisioterapeutas y nutricionistas.

La baja por enfermedad (incapacidad temporal) paso a paso

La incapacidad temporal (IT) es la baja «de toda la vida»: una gripe fuerte, una lesión, una operación, un proceso de ansiedad o cualquier problema de salud que te impida trabajar. Para un fisioterapeuta, una lesión de hombro o de muñeca puede dejarle fuera semanas; para una psicóloga, un proceso de salud mental propio también es causa de baja, y conviene normalizarlo.

Requisitos para cobrarla

Para cobrar la prestación por enfermedad común necesitas:

• Estar de alta en el RETA en el momento de la baja.
• Haber cotizado al menos 180 días en los últimos cinco años. Si la baja viene de un accidente de trabajo o una enfermedad profesional, no se exige periodo mínimo.
• Estar al corriente de pago de las cuotas. Si debes cuotas, la mutua te invitará a pagarlas en un plazo corto; si las abonas, recuperas el derecho.
• Haber elegido una mutua colaboradora con la Seguridad Social, algo que se hace al darte de alta. Si no recuerdas cuál es la tuya, aparece en tu resolución de alta y en la sede electrónica de la Seguridad Social.

Si estás empezando, revisa la guía para darte de alta como autónomo siendo psicólogo, fisioterapeuta o nutricionista: ahí ves en qué momento eliges mutua y por qué conviene no descuidarlo.

Cuánto cobrarías: un ejemplo

La base reguladora diaria se calcula dividiendo la base de cotización del mes anterior a la baja entre 30. Veamos un ejemplo ilustrativo con una base mensual de 1.200 euros (las cifras son de ejemplo, no una tabla oficial):

Periodo de la baja	Porcentaje	Importe diario aproximado	Importe por periodo
Días 1 a 3	0 %	0 €	0 €
Días 4 a 20 (17 días)	60 %	24 €	408 €
Días 21 a 30 (10 días)	75 %	30 €	300 €
Primer mes completo			708 € brutos

Como ves, con una base baja la prestación no cubre los gastos fijos de una consulta, y mucho menos tus ingresos habituales. Si facturas 3.500 euros al mes, una baja de un mes puede suponer perder casi 2.800 euros. Por eso el cálculo de tu colchón de tesorería y, en su caso, un seguro privado de baja diaria (lo vemos más abajo) tienen tanto sentido.

La prestación por IT tributa en el IRPF como rendimiento del trabajo y lleva retención, así que tenla en cuenta en tu declaración de la renta junto con tus rendimientos de actividad. Si haces pagos fraccionados, en la guía de retenciones de IRPF y modelo 130 en la consulta privada tienes el contexto.

¿Y la cuota de autónomos durante la baja?

Durante los primeros 60 días de baja sigues pagando tu cuota con normalidad. A partir del día 61, la cuota pasa a abonarla la mutua o la entidad gestora con cargo a las cuotas por incapacidad temporal, de forma que dejas de pagarla mientras dure la baja. No necesitas hacer ningún trámite especial para ello más allá de que la baja esté correctamente comunicada.

Un detalle práctico: no te des de baja en el RETA por estar enfermo. Si lo haces, pierdes la prestación. La baja médica y la baja en Hacienda o en la Seguridad Social son cosas completamente distintas.

Los trámites

1. Acude a tu médico de atención primaria (o al del servicio que corresponda). Él emite el parte de baja, que hoy se transmite de forma electrónica a la Seguridad Social y a tu mutua.
2. Presenta la declaración de situación de la actividad ante tu mutua, normalmente en los 15 días siguientes a la baja. En ella indicas si tu actividad queda cerrada temporalmente o si sigue funcionando gestionada por otra persona (por ejemplo, un colaborador o un familiar), con sus datos.
3. Solicita la prestación a la mutua con su formulario, adjuntando tu DNI, la declaración de situación de la actividad, los justificantes de las últimas cuotas pagadas y el número de cuenta. Muchas mutuas permiten hacerlo online.
4. Acude a los partes de confirmación que te indique el médico y a las revisiones que pueda pedir la mutua.
5. Con el parte de alta, retomas la actividad y la mutua deja de pagarte. Si la mutua te propone el alta y no estás de acuerdo, existe un procedimiento para discrepar ante el INSS.

En los autónomos, la mutua paga la prestación directamente, normalmente por meses vencidos. Ten en cuenta ese desfase en tu planificación: el primer pago puede tardar varias semanas.

¿Puedo seguir pasando consulta online estando de baja?

No. La incapacidad temporal implica que no puedes trabajar, y eso incluye las sesiones por videollamada, los informes o las revisiones de planes de nutrición que te «da tiempo a hacer en casa». Trabajar estando de baja puede llevar a perder la prestación e incluso a tener que devolverla. Sí puedes, en cambio, que otra persona mantenga la actividad (con su propio alta y en las condiciones que expliques en la declaración de situación de la actividad), y que se hagan tareas que no son tu trabajo profesional, como que alguien de confianza gestione la agenda o cobre facturas ya emitidas.

Nacimiento y cuidado de menor: 19 semanas

Desde 2025, el permiso por nacimiento y cuidado de menor es de 19 semanas para cada progenitor, también para los autónomos. De ellas, las seis primeras tras el parto son obligatorias e ininterrumpidas; el resto puede disfrutarse de forma flexible dentro de los plazos legales, y una parte puede reservarse para el cuidado del menor hasta que cumpla ocho años. Las familias monoparentales tienen un periodo más largo.

La prestación es del 100 % de la base reguladora y la paga el INSS. Los requisitos de cotización dependen de la edad: a partir de 26 años, se piden 180 días cotizados en los siete años anteriores o 360 a lo largo de la vida laboral; por debajo de esa edad los requisitos son menores.

Además, durante el descanso por nacimiento la normativa de autónomos prevé una bonificación del 100 % de la cuota, de modo que en la práctica no pagas cuota mientras disfrutas del permiso. Y si contratas a alguien para sustituirte, ese contrato también puede tener bonificaciones. Confirma con tu asesoría o mutua las condiciones vigentes cuando llegue el momento, porque estas ayudas se actualizan con frecuencia.

Algo importante para la renta: las prestaciones por nacimiento y cuidado de menor están exentas de IRPF, igual que para los trabajadores por cuenta ajena.

Riesgo durante el embarazo

Si tu trabajo supone un riesgo para el embarazo (piensa en una fisioterapeuta que hace terapia manual intensa, cargas o trabajo en piscina), puedes pedir la prestación por riesgo durante el embarazo, que cubre el 100 % de la base reguladora y gestiona tu mutua. Se necesita un informe médico y una valoración de que no puedes adaptar tu actividad. En consultas de psicología o nutrición es menos habitual, pero no imposible.

Cese de actividad: el «paro» de los autónomos

Si tienes que cerrar tu consulta de forma definitiva o temporal por causas ajenas a tu voluntad, puedes cobrar la prestación por cese de actividad. Los puntos principales:

• Requisito de cotización: al menos 12 meses continuados e inmediatamente anteriores al cese.
• Causas: motivos económicos (por ejemplo, pérdidas relevantes en tu facturación), fuerza mayor, pérdida de la licencia o autorización necesaria para ejercer, violencia de género, divorcio en negocios familiares, entre otras. Desde 2023 existe también un cese parcial para ciertas caídas fuertes de ingresos.
• Cuantía: el 70 % de la base reguladora (la media de los últimos 12 meses), con mínimos y máximos según tus cargas familiares.
• Duración: de 4 a 24 meses según lo cotizado.
• Durante la prestación, la mutua paga tu cuota.

Para una consulta sanitaria, uno de los supuestos más claros es la pérdida de la autorización sanitaria del centro o la imposibilidad de seguir en el local. Si todavía no tienes clara la parte administrativa de tu centro, la guía sobre autorización sanitaria de una consulta privada te ayudará. Y si estás valorando trabajar en un despacho por horas para reducir riesgos fijos, mira alquilar una consulta por horas.

Ojo: el cese de actividad no cubre «me apetece parar unos meses». Hay que acreditar la causa con documentación, y la mutua revisa cada caso.

¿Y si trabajas a través de una sociedad?

Si ejerces a través de una sociedad limitada y eres socio administrador con control efectivo, sigues siendo autónomo (societario) y tienes las mismas prestaciones, con la base mínima propia de este colectivo. La diferencia es organizativa: la sociedad sigue existiendo, puede tener otros profesionales trabajando y puede seguir facturando mientras tú estás de baja, siempre que tú no trabajes. Si estás valorando el salto, lo comparamos en autónomo o sociedad limitada para tu consulta.

Si, en cambio, ejerces como asalariado en un centro y además tienes consulta propia (pluriactividad), cada régimen tiene su prestación: la de tu empresa y la del RETA, siempre que cumplas los requisitos en ambos.

Qué pasa con tu consulta y tus pacientes mientras estás fuera

Aquí es donde una consulta privada sanitaria se juega mucho más que dinero. Un paciente de psicología en mitad de un tratamiento, una persona en rehabilitación posquirúrgica o alguien con un plan nutricional por una patología necesita continuidad. Tienes, en general, tres opciones:

Opción	Cuándo encaja	Qué tener en cuenta
Cierre temporal y reprogramación	Bajas cortas (días o pocas semanas)	Avisar rápido, mover citas y no cobrar señales por cancelaciones tuyas
Derivación a un colega de confianza	Bajas medias o procesos que no pueden esperar	Consentimiento del paciente para compartir información y un informe de derivación
Profesional sustituto en tu consulta	Bajas largas, nacimiento, consultas con mucha agenda	Contrato correcto, alta del sustituto y acceso controlado a historias clínicas

Avisar a los pacientes sin perder la confianza

La forma de comunicarlo importa. No hace falta dar detalles de tu salud: basta con un mensaje claro, cercano y con alternativas.

• Bajas cortas: un mensaje individual para mover cada cita a una fecha concreta, sin penalizaciones.
• Bajas largas: una comunicación más completa, con la fecha estimada de vuelta (si la sabes), la opción de derivación y un canal de contacto para dudas administrativas.
• Pacientes vulnerables: en psicología, especialmente, prioriza llamar o escribir personalmente a quien pueda verse más afectado por la interrupción, y deja recursos de urgencia.

Recuerda revisar tu propia política de cancelación de citas: si eres tú quien cancela, lo correcto es devolver señales o mantener los bonos sin caducidad mientras dure la baja.

Derivar o sustituir respetando la protección de datos

Si un colega va a atender a tus pacientes, no puede acceder a su historia clínica sin una base legal. Lo habitual es pedir consentimiento al paciente para la derivación y entregar un informe con la información necesaria, o bien que el sustituto actúe dentro de tu consulta con un contrato que regule el acceso a los datos. En la guía de historia clínica: conservación y custodia y en la de informes y justificantes tienes los detalles.

Si el sustituto va a trabajar en tu consulta, decide bien la fórmula: colaborador autónomo que factura a la consulta, contrato laboral (incluido un contrato de sustitución) o acuerdo de uso de espacio. Lo explicamos con números en contratar a otro profesional en tu consulta privada. Y recuerda que el sustituto necesita su propia colegiación y su seguro de responsabilidad civil.

No olvides los gastos fijos

Durante la baja, tus gastos siguen ahí. Haz una lista y decide qué puedes pausar:

• Alquiler: pregunta si puedes negociar una carencia temporal, sobre todo en bajas largas.
• Software y suscripciones: mantén lo esencial (agenda, historias, facturación) y pausa lo que no uses.
• Publicidad: detén campañas de captación mientras no puedas atender.
• Seguro de responsabilidad civil: no lo canceles; mantener la cobertura evita lagunas si hay una reclamación sobre una sesión anterior. Lo explicamos en el seguro de responsabilidad civil para sanitarios.
• Cuota de colegio: consulta si tu colegio tiene reducciones por baja larga o maternidad; algunos las contemplan.

Seguros privados y colchón de tesorería

Visto el ejemplo anterior, la prestación pública rara vez cubre lo que dejas de ingresar. Hay dos herramientas complementarias.

Seguro de baja laboral (subsidio diario)

Es un seguro privado que te paga una cantidad fija por cada día de baja (por ejemplo, 30, 50 o 70 euros diarios), con o sin franquicia de unos días. Lo ofrecen aseguradoras generalistas y también mutualidades profesionales y algunos colegios a través de convenios. Antes de contratarlo, mira:

• Franquicia: cuántos días tienen que pasar para que empiece a pagar.
• Exclusiones: muchas pólizas excluyen o limitan las bajas por motivos psicológicos o por lesiones previas, algo especialmente relevante para psicólogos y fisioterapeutas.
• Baremo o días reales: si te paga por los días de baja que dure de verdad o por un baremo fijo según la dolencia.
• Carencias: algunas coberturas, como el embarazo, no se activan hasta pasado un tiempo desde la contratación.
• Tratamiento fiscal: cómo tributan las primas y las indemnizaciones depende del tipo de seguro; consúltalo con tu asesoría. Por separado, las primas del seguro de enfermedad (asistencia sanitaria) del autónomo tienen un límite deducible específico, que repasamos en la guía de gastos deducibles de la consulta privada.

Colchón de tesorería

Lo más sano es tener reservado el equivalente a tres a seis meses de gastos fijos. Con ese colchón, una baja de un mes es un mal trago, no un problema financiero. Si estás abriendo la consulta, inclúyelo desde el principio en tu plan, como explicamos en cuánto cuesta abrir una consulta privada.

Vacaciones: la «baja» que sí puedes planificar

Los autónomos no tienen vacaciones pagadas: si cierras dos semanas en agosto, esas dos semanas no facturas. No es una baja, pero se planifica con la misma lógica:

• Fija tus periodos de cierre con antelación y bloquéalos en la agenda.
• Repártelos en tu precio: si quieres facturar 40.000 euros al año trabajando 46 semanas, tus tarifas tienen que reflejarlo. Lo vimos en cuánto cobrar por sesión.
• Avisa a tus pacientes con tiempo y deja un plan para quien no pueda esperar.

Checklist: prepara tu consulta para una baja antes de necesitarla

• Sé qué mutua tengo y tengo a mano su teléfono y su área de clientes.
• Conozco mi base de cotización y he calculado cuánto cobraría en una baja de un mes.
• Estoy al corriente de pago de todas las cuotas.
• Tengo un colchón de al menos tres meses de gastos fijos.
• He valorado un seguro privado de baja diaria y he leído sus exclusiones.
• Tengo un colega de confianza para derivar o sustituir, y hemos hablado de condiciones.
• Mi consentimiento informado y mis documentos contemplan la derivación o la sustitución.
• Mi agenda está online y alguien de confianza puede acceder para avisar y reprogramar.
• Tengo una plantilla de mensaje para avisar a pacientes de una ausencia.
• Sé dónde está la información para que alguien gestione cobros y facturas pendientes.
• He anotado qué gastos puedo pausar y a quién hay que llamar para hacerlo.

Preguntas frecuentes

¿Desde qué día cobra un autónomo la baja por enfermedad?

Por enfermedad común o accidente no laboral, desde el cuarto día de baja: el 60 % de la base reguladora hasta el día 20 y el 75 % desde el día 21. Si es un accidente de trabajo o una enfermedad profesional, desde el día siguiente a la baja, al 75 %.

¿Tengo que seguir pagando la cuota de autónomos estando de baja?

Sí durante los primeros 60 días. A partir del día 61, la cuota la paga la mutua o la entidad gestora mientras dure la baja.

¿Puedo dar sesiones online si estoy de baja?

No. Estar de baja significa no trabajar, también por videollamada. Puedes, eso sí, que otra persona mantenga la actividad si lo has declarado en la declaración de situación de la actividad.

¿Quién paga la baja de un autónomo?

La mutua colaboradora que elegiste al darte de alta, que paga directamente al autónomo. El nacimiento y cuidado de menor lo paga el INSS.

¿Cuánto dura el permiso por nacimiento para una autónoma o un autónomo?

19 semanas por progenitor, con seis semanas obligatorias tras el parto y el resto flexibles dentro de los plazos legales. La prestación es del 100 % de la base reguladora, está exenta de IRPF y durante el descanso hay bonificación de la cuota.

¿Si cierro mi consulta tengo derecho a paro?

Puedes tener derecho a la prestación por cese de actividad si has cotizado al menos 12 meses seguidos y acreditas una causa válida, como motivos económicos, fuerza mayor o pérdida de la autorización. No cubre el cierre voluntario sin causa.

¿Me compensa subir mi base de cotización?

Depende de tu facturación y de tu edad. Subirla aumenta la cuota, pero también todas tus prestaciones (baja, nacimiento, cese) y tu futura pensión. Es una decisión para hablar con tu asesoría con números delante.

Una consulta organizada aguanta mejor una baja

Lo que más complica una baja no es la Seguridad Social, sino el caos alrededor: citas que nadie sabe mover, pacientes sin avisar, historias clínicas en papel en un cajón y facturas pendientes que solo tú sabes dónde están. Cuanto más ordenada esté tu consulta en el día a día, más fácil es que otra persona te eche una mano cuando no puedas estar.

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